El programa en su segunda fase, además de los cursos regulares y del PAT, organiza un conjunto de cursos especializados que atienden necesidades específicas del sistema de partidos en materia de capacitación política. Estos cursos van dirigidos a las dirigencias del sistema de partidos, destacando una cuota afirmativa de género de las regiones. Dichos cursos se organizan en ejercicios docentes con una duración máxima deveinticuatro (24) horas y no menor de doce (12) horas.

Los ejes centrales de la organización de estos cursos se orientan en función de la necesidad del sistema de partidos de modernizar sus estructuras, fortaleciendo la democracia interna, la institucionalidad política y la rendición de cuentas y transparencia.

Para la implementación de los cursos, además del personal académico nacional calificado, el programa cuenta con el apoyo del programa CAPEL y del NDI, con los cuales se tienen acuerdos específicos. Además, el programa ha realizado acuerdos de cooperación con la escuela de formación electoral y política que promueve la Junta Central Electoral.

De esta forma, a través de los cursos especializados, el programa persigue generar una masa crítica de dirigentes en campos como la administración electoral, el manejo de presupuestos participativos a nivel municipal, la participación de la comunidad en la vida municipal, el análisis y crítica de presupuestos nacionales, las técnicas modernas de análisis de riesgos, entre otros aspectos.

Los Cursos Especializados para una Gerencia Política Efectiva, por su parte, consisten en una oferta especializada dirigida a fortalecer las capacidades gerenciales y estratégicas de los egresados y las egresadas de la primera fase del Programa, así como directivos y directivas de niveles alto y medio de las agrupaciones políticas, para poner en marcha las reformas partidarias que contribuyan con la modernización, democracia interna y transparencia en los partidos.